重磅!GRAIL CCGA子研究结果于Cancer Cell发表,揭示cfDNA甲基化是实现多癌早检最有前景的标志物

发表时间:2022-11-22 17:11

早筛网讯:近日,肿瘤早筛知名企业GRAIL公布了其循环细胞游离基因组图谱(Circulating Cell-free Genome Atlas,CCGA)研究的一项子研究(CCGA Discovery)的结果,该结果以“Evaluation of cell-free DNA approaches for multi-cancer early detection”为题于《Cancer Cell》杂志上在线发表

DOI:https://doi.org/10.1016/j.ccell.2022.10.022


在该研究中,研究者根据循环肿瘤等位基因分数 (cTAF)定义临床检测限 (LOD) 来评估基于 循环游离DNA(cfDNA)的多癌早检测试的几种方法,以便进行性能比较。该研究首次严格、系统地比较了用于多癌早检的cfDNA的各种基因组特征,也是目前最大规模的cfDNA方法全基因组综合比较。


研究结果证明,与其他方法相比,cfDNA甲基化是最有希望用于癌症检测和预测癌症信号来源的基因组特征。

GRAIL数据科学高级副总裁兼首席科学官Amoolya Singh博士表示:“这项研究的结果为我们开发和完善多癌早检产品Galleri测试夯实了基础,使我们能够精心设计一种具有高特异性和低假阳性率的癌症筛查测试。当与标准筛查相结合时,这种测试有可能提高对无症状个体的癌症检测效果。”

CCGA Discovery 子研究是CCGA病例对照研究的三个预先计划的子研究中的第一个,该研究在2800人(1,628 名癌症患者和 1,172 名非癌症患者)的队列中评估了多种潜在的基于血液的多癌早检方法,包括全基因组测序、全基因组甲基化测序和超深度定向测序,共涵盖了八个分类,包括甲基化、体细胞拷贝数改变、体细胞突变,以及一个泛特征分类器。评估标准包括灵敏度(测试正确识别癌症患者的能力)、高(98%)特异性(测试正确识别非癌症患者的能力)和癌症信号起源预测(测试预测检测到的癌症信号的解剖定位或起源细胞的能力)。


研究显示,在被评估的分类器中,在特异性为98%时,使用全基因组甲基化的分类器具有最高的癌症信号检测灵敏度。此外,在被评估的方法中,全基因组甲基化具有最佳的预测癌症信号来源。

CCGA Discovery的研究结果以及其他分项研究有助于开发、完善和验证用于Galleri® MCED测试的靶向甲基化平台。该平台应用下一代基因组测序、先进的数据科学和机器学习等技术,能够以99.5%的特异性检测50多种癌症的共同癌症信号,并通过简单的抽血准确预测癌症信号在体内的起源位置。该研究中,Galleri®测试的性能与最近在2022年欧洲医学肿瘤学大会上发表的干预性PATHFINDER研究的性能一致(详情请点击查看)。

CCGA Discovery实施了癌症检测评估的创新,包括研究设计、定制的分布式和云计算,并引入了一个新的衡量标准:循环肿瘤DNA等位基因部分,定义为cfDNA样本中肿瘤区分甲基化标记的部分(即可用信号)。此外,它引入了临床检测极限(cLOD)的指标,以衡量癌症检测与cfDNA肿瘤部分的关系。本次衡量的指标是一个比敏感性更稳健的性能指标,因为其无需像敏感性一样高度依赖于研究癌症类型和阶段构成。


“为了能够在未来有意义地比较ctDNA测定,我们必须评估临床检测极限”,Singh补充到,“CCGA Discovery是目前我们所知道的第一个对多种方法的直接正面比较的研究。值得注意的是,CCGA Discovery研究确定了ctDNA中的甲基化特征具有领先的癌症检测和癌症信号来源性能组合,促使我们开发了一个经过改进的靶向甲基化平台,使得Galleri测试的性能大幅提高。”

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